Кафедра екології та зоології має досвід тісної й багаторічної співпраці з профільними міністерствами та відомствами, академічними та науково-дослідними інститутами, адміністраціями природно-заповідних територій України, а також - з багатьма установами за кордоном (країни Прибалтики, Німеччина, Франція, США, Польща, Чехія, Іспанія та ін.). Студенти кафедри екології та зоології мають можливість проходити практику та готувати дипломні проєкти як в інших у підрозділах КНУТШ, так і на базі низки партнерських організацій, таких як:

​​

●  Канівський природний заповідник
●  Ботанічний сад імені академіка О.В. Фоміна 
●  Національний природний парк «Пирятинський»
●  Національний природний парк «Голосіївський» 
●  Національний природний парк «Верховинський» 
●  Національний природний парк «Подільські Товтри»
●  Інститут ботаніки імені М.Г. Холодного НАН України 
●  Інститут гідробіології НАН України 
●  Інститут зоології ім. І.І.Шмальгаузена НАН України
●  Інститут рибного господарства НААН України
●  Національний науковий центр «Інститут бджільництва імені П.І. Прокоповича»
●  Міністерство захисту довкілля та природних ресурсів України
●  Державне комунальне підприємство «Плесо»
●  ГО «Українська природоохоронна група»
●  ГС «Український інноваційний кластер рибної індустрії»